Sebelum masuknya Gereja Katholik Roma, masyarakat Desa Sitabotabo umumnya menganut agama Protestan (HKBP/Huria Kristen Batak Protestan), namun perkenalan agama Katholik sudah dimulai pada tahun 1930. Jumlah ruas (anggota) masih terdiri dari 6 KK (Kepala Keluarga), tempat beribadah masih di rumah salah seorang ruas.
Selang beberapa waktu, atas inisiatif anggota, mereka mendirikan undung-undung/lopo-lopo (bangunan sederhana berupa pendopo). Baru sekitar tahun1935 mereka membangun Gereja murni swadaya anggota dan diresmikan oleh Pastor Biclaar pada tahun 1936, saat itu termasuk Paroki Tarutung, Keuskupan Padang yang merupakan Gereja Katholik pertama di Kecamatan Siborongborong.
Gereja tersebut masih berbentuk rumah panggung. Dalam perkembangan masyarakat Sitabotabo, Gereja tersebut difungsikan lagi menjadi tempat pendidikan Sekolah Rakyat (sekarang telah berobah nama menjadi Sekolah Dasar dan berdomisili tidak jauh dari Gereja tersebut). Pada tahun 1961 Gereja ini direnovasi. Renovasi ini murni swadaya umat. Bangunan panggung dirobah menjadi bangunan berlantai, saat itu juga Sekolah Rakyat yang menggunakan Gereja tersebut pindah lokasi.
Secara geografis, teritorial Gereja Katholik St. Thomas Sitabotabo mencakup 4 desa yaitu Sitabotabo, Paniaran, Desa Pasar Siborongborong dan Dolok Bintatar terlalu luas sehingga tidak efektif untuk pencapaian lokasi dan pembinaan umat, sementara perkembangan umat di Dolok Bintatar cukup pesat, sehingga timbul inisiatif mereka memisahkan diri, dan telah resmi berdiri tahun 1951. Demikian juga terjadi di Desa Pasar Siborongborong perkembangan umat sangat pesat, mereka resmi berdiri tahun 1971.
